Skólanefnd starfar samkvæmt lögum um framhaldsskóla nr. 92/2008. Ráðherra skipar skólanefnd við framhaldsskóla til fjögurra ára í senn. Í skólanefnd skulu sitja fimm einstaklingar. Tveir eru skipaðir samkvæmt tilnefningum sveitarstjórna og þrír án tilnefningar. Varamenn skulu skipaðir með sama hætti. Nefndin kýs sér formann til eins árs í senn. Áheyrnarfulltrúar eru þrír með málfrelsi og tillögurétt, einn tilnefndur af kennarafundi, einn af nemendafélagi skólans og einn af foreldraráði, til eins árs í senn. Skólameistari situr fundi skólanefndar með málfrelsi og tillögurétt. Hann er framkvæmdastjóri nefndarinnar. 

Skólanefnd MA fundar að jafnaði einu sinni í mánuði á starfstíma skólans. Nánari upplýsingar um fundi skólanefndar veitir skólameistari.   

Í skólanefnd Menntaskólans á Akureyri sem skipuð var vorið 2021:

Aðalmenn:
Ásta Arnbjörg Pétursdóttir - Skipun ráðherra eftir tilnefningu SSNE
Elías Gunnar Þorbjörnsson - Skipun ráðherra eftir tilnefningu SSNE
Erla Rán Kjartansdóttir - Skipun ráðherra án tilnefningar
Kristrún Lind Birgisdóttir - Skipun ráðherra án tilnefningar
Óli Þór Jónsson - Skipun ráðherra án tilnefningar

Varamenn:
Ágúst Torfi Hauksson - Skipun ráðherra án tilnefningar
Elva Gunnlaugsdóttir - Skipun ráðherra eftir tilnefningu SSNE
Gunnfríður Elín Hreiðarsdóttir - Skipun ráðherra án tilnefningar
Gunnþór Eyfjörð Gunnþórsson - Skipun ráðherra eftir tilnefningu SSNE
Þorvaldur Bjarni Þorvaldsson - Skipun ráðherra án tilnefningar

Áheyrnarfulltrúar skólaárið 2022-2023:
 f.h. kennara
 fulltrúi nemenda,
f.h. foreldra.