Skólanefnd starfar samkvæmt lögum um framhaldsskóla nr. 92/2008. Ráðherra skipar skólanefnd við framhaldsskóla til fjögurra ára í senn. Í skólanefnd skulu sitja fimm einstaklingar. Tveir eru skipaðir samkvæmt tilnefningum sveitarstjórna og þrír án tilnefningar. Varamenn skulu skipaðir með sama hætti. Nefndin kýs sér formann til eins árs í senn. Áheyrnarfulltrúar eru þrír með málfrelsi og tillögurétt, einn tilnefndur af kennarafundi, einn af nemendafélagi skólans og einn af foreldraráði, til eins árs í senn. Skólameistari situr fundi skólanefndar með málfrelsi og tillögurétt. Hann er framkvæmdastjóri nefndarinnar. 

Skólanefnd MA fundar að jafnaði einu sinni í mánuði á starfstíma skólans. Nánari upplýsingar um fundi skólanefndar veitir skólameistari.   

Í skólanefnd Menntaskólans á Akureyri, skipuð haust 2025, eru:

Aðalmenn án tilnefningar: Freydís Heba Konráðsdóttir, Ólöf Ýrr Atladóttir og Þorgeir Rúnar Finnsson

Aðalmenn samkvæmt tilnefningu Samtaka sveitarfélaga og atvinnuþróunar á Norðurlandi eystra: Heimir Árnason og Magni Þór Óskarsson

Varamenn án tilnefningar: Héðinn Svarfdal Björnsson og Unnur Pétursdóttir

Varamenn samkvæmt tilnefningu Samtaka sveitarfélaga og atvinnuþróunar á Norðurlandi eystra: Lára Halldóra Eiríksdóttir 

Áheyrnarfulltrúar skólaárið 2025-2026:
Kristinn Berg Gunnarsson - f.h. kennara. Til vara: Eyrún Huld Haraldsdóttir 
Forseti Hugins, fulltrúi nemenda,
Katrín Jóhannesdóttir f.h. foreldra.
Karl Frímannsson skólameistari
Sigurlaug A. Gunnarsdóttir aðstoðarskólameistari