Menntamálaráðherra skipar skólanefnd til fjögurra ára í senn. Í skólanefnd sitja fimm fulltrúar, tveir skipaðir samkvæmt tilnefningu sveitarstjórna þeirra, sem að rekstri skólans standa, og þrír án tilnefningar. Áheyrnarfulltrúar eru tveir með málfrelsi og tillögurétti, annar kosinn af kennurum en hinn af nemendafélagi skólans.

Skólameistari er framkvæmdastjóri skólanefndar. Skólanefnd markar áherslur í starfi skólans. Hún gerir árlega starfs- og fjárhagsáætlun fyrir skólann til þriggja ára í senn sem háð er samþykki menntamálaráðherra. Skólanefnd gerir í upphafi hvers árs fjárhagsáætlun í samræmi við niðurstöður fjárlaga og fylgist með að henni sé framfylgt.

Í skólanefnd Menntaskólans á Akureyri sem skipuð var vorið 2017:

Aðalmenn:
Andri Teitsson formaður
Álfheiður Svana Kristjánsdóttir
Helga Rún Traustadóttir
Ásta Arnbjörg Pétursdóttir
Jóhann Jónsson

Varamenn:
Baldvin Valdemarsson
Guðmundur Magnússon
Laufey Petrea Magnúsdóttir
Bjarni Th. Bjarnason
Elva Gunnlaugsdóttir

Áheyrnarfulltrúar skólaárið 2017-2018:
Bjarni Guðmundsson f.h. kennara,
Arnar Ólafsson f.h. nemenda,
Guðrún Dóra Clarke f.h. foreldra.