Skólanefnd starfar samkvæmt lögum um framhaldsskóla nr. 92/2008. Ráðherra skipar skólanefnd við framhaldsskóla til fjögurra ára í senn. Í skólanefnd skulu sitja fimm einstaklingar. Tveir eru skipaðir samkvæmt tilnefningum sveitarstjórna og þrír án tilnefningar. Varamenn skulu skipaðir með sama hætti. Nefndin kýs sér formann til eins árs í senn. Áheyrnarfulltrúar eru þrír með málfrelsi og tillögurétt, einn tilnefndur af kennarafundi, einn af nemendafélagi skólans og einn af foreldraráði, til eins árs í senn. Skólameistari situr fundi skólanefndar með málfrelsi og tillögurétt. Hann er framkvæmdastjóri nefndarinnar. 

Skólanefnd MA fundar að jafnaði einu sinni í mánuði á starfstíma skólans. Nánari upplýsingar um fundi skólanefndar veitir skólameistari.   

Í skólanefnd Menntaskólans á Akureyri sem skipuð var vorið 2021:

Aðalmenn:
Ásta Arnbjörg Pétursdóttir
Elías Gunnar Þorbjörnsson
Erla Rán Kjartansdóttir
Kristrún Lind Birgisdóttir
Óli Þór Jónsson

Varamenn:
Ágúst Torfi Hauksson
Elva Gunnlaugsdóttir
Gunnfríður Elín Hreiðarsdóttir
Gunnþór Eyfjörð Gunnþórsson
Þorvaldur Bjarni Þorvaldsson

Áheyrnarfulltrúar skólaárið 2020-2021:
Rannveig Ármannsdóttir f.h. kennara
Elísa Þóreyjardóttir fulltrúi nemenda,
Pollý Rósa Brynjolfsdóttir f.h. foreldra.